本署為有效打擊妨害選舉案件，於投票日前六個月內成立「查察妨害選舉督導小組」，置召集人一人，由檢察總長兼任，成員由法務部檢察司司長、廉政署署長、調查局局長、內政部警政署署長、內政部移民署署長、高等檢察署及其檢察分署檢察長、指定之最高檢察署主任檢察官及檢察官兼任，負責督導及策劃查察妨害選舉事宜。

各地方檢察署於最高檢察署查察妨害選舉督導小組成立日同步成立「查察妨害選舉執行小組」，以檢察長為負責人，由各署指派之主任檢察官或檢察官、檢察事務官、書記官、政風人員、法務部調查局指派之調查人員及各直轄市、縣 （市）警察局及內政部移民署指派之專人各若干人組成，專責查辦轄區內之妨害選舉案件，必要時得於指定地點辦公，並受檢察長之指揮監督。