本署為政府資安等級B級機關，依照行政院國家資通安全會報規劃要求，必須在民國100年前通過資安全管理外部驗證。為達到此目標，本署自98年初起即積極辦理國際資訊安全管理系統（ISMS）標準導入作業，並於98年11月10日在英國標準協會（BSi）的嚴格審查下，以零缺失的優異成績通過順利通過ISO 27001國際資訊安全管理制度驗證，是我國檢察體系中第1個獲得資安驗證通過的單位，同時在99年11月4日英國標準協會（BSi）至本署進行第1年後續審查作業時，以零缺失通過ISO 27001資安標準驗證，除確認本署資通安全管理機制皆已依法務部及國際資訊安全標準之各項規範辦理，並確保本署ISO 27001認證證書仍持續有效。

此外，行政院國家資通安全會報資安稽核服務團99年並擇定本署為該年度政府資通安全外部稽核作業之政府機關，並於99年11月11日由臺灣科技大學吳宗成教授擔任稽核服務團領隊，帶領中興大學賴永康教授等一行6人，至本署進行實地稽核。本署由黃檢察總長世銘帶領各單位主管共同列席當日的稽核作業啟始會議，並邀請法務部資訊處陳泉錫處長及政風司代表參加，會議由資訊室李水滄主任簡報資通安全辦理情形，接著分6組展開審查作業，由各分組委員提問及進行佐證資料查核，並親赴資訊室機房了解實際作業情況，整個稽核過程約6小時。領隊吳宗成教授綜合各分組委員之稽核意見後，宣布本署獲評為第一等級「非常完整」之機關，整體表現相當良好，有助於降低機關之資安風險機率，並有效提昇機關之安全等級，值得其他政府機關參考。