民國八十九年七月，為加強查緝中央地方政府高官、民代涉嫌官商舞弊及黑白掛勾等重大瀆職案件，臺灣高等法院檢察署依據行政院「掃除黑金行動方案」，結合一、二審檢察官、檢察事務官、書記官、調查員、刑事偵查員、金融局人員與賦稅署人員成立查緝黑金行動中心，分別於臺高檢及臺中、臺南、高雄高分檢成立四個特別偵查組。
　　九十五年，立法院肯定原查緝黑金行動中心之功能，增訂法院組織法第六十三條之一，將其法制化，從原來臨時性任務編組，提升成為正式法制機構，在最高法院檢察署下設「特別偵查組」，讓檢察總長親挑精明幹練檢察官，調度相關專業支援人力，組成一個能貫徹其「看守法憲，實現公益」意志的直屬團隊。俾在其直接指揮下，積極查辦涉及總統、副總統、各部會首長及上將軍階之貪瀆案件，及其他重大貪瀆、財經、危害社會法治犯罪之案件，以維護民主憲政體制，健全自由市場經濟秩序，保障國民生命財產安全，增進國人對司法信任及檢察體系之榮譽。
　　為使這個由檢察總長所帶領之特別偵查組能充分發揮其功能，立法院於九十五年一月修訂法院組織法時，將檢察總長之任命方式由總統任命改為由總統提名且國會同意之方式，使其獲得「間接民意基礎」並責成其應向全體國民負責。另外，明定檢察總長任期為四年且不得連任，以彰顯檢察系統之獨立性。從一個高度透過檢察一體，由檢察總長建立一個高效能的專業團隊，指揮檢察體系全體檢察官，有系統、有組織的偵辦高官重罪案件，以符人民期待。