最高檢察署為全國最高檢察機關，辦理第三審檢察事務。依照「法院組織法」及「最高檢察署處務規程」之規定，其組織及職掌如下：

組 織
　　最高檢察署置檢察官若干人，其員額以法律定之，以一人為檢察總長。由總統提名，經立法院同意任命之，任期四年，不得連任。檢察官員額在六人以上得分組辦事，每組以一人為主任檢察官，監督各該組事務。

　　最高檢察署置書記官長一人，書記官若干人，書記官之員額以命令定之。書記官辦理紀錄、研考、資料、文書及總務等事務；得分科辦事，各科由檢察總長就所屬薦任書記官指定一人兼任科長，負責指揮監督各該科事務。另設人事室、政風室、會計室、統計室及資訊室，依據法令辦理有關業務。

最高檢察署組織系統表：

職 掌

一、 檢察總長：

• 檢察總長指揮監督全國檢察官及檢察事務。
• 檢察總長對確定之刑事判決，發見該案件之審判係違背法令者，得向最高法院提起非常上訴。
• 檢察總長得親自處理所屬檢察官之事務，並得將所屬檢察官之事務移轉於所屬其他檢察官處理之。其他職員事務分配，由檢察總長決定之。
• 檢察總長對於檢察事務得考查其進行程序，並注意其期限。
• 檢察總長為謀檢察事務之進展，得指定人員擔任設計考核事宜。
• 檢察總長得親自或指派主任檢察官或檢察官擔任視察或調查事務。
• 視察結果，認受監督或指揮之人員，著有成績或廢弛職務者，得分別依法獎懲，其有犯罪嫌疑者，得逕予偵查或交付該管檢察官偵查。
• 檢察總長得召集檢察官會議，商討重要法律問題，或有關檢察事務之重要事項，以供採擇。

檢察署每年年終會議應決定下列事項，由檢察總長核定之：
1. 檢察官事務分配。
2. 檢察官分案符號。
3. 檢察官代理順序。
4. 各組檢察官之配置。

檢察總長綜理全署行政事務，決定施政方針、工作計畫，及處理一切事務。為徵詢意見，得召開署務會議。
檢察總長對被監督之人員得為下列處分：
1. 關於職務上之事項，得發布命令促其注意。
2. 有廢弛職務，侵越權限或行止不檢者，予以警告。

被監督人員，如有前述第二款情事，而情節較重或經警告不悛者，得依公務員懲戒法辦理。
檢察總長因事故不能執行職務時，由其指定主任檢察官或檢察官代行職務，並陳報法務部。

二、 主任檢察官及檢察官：

主任檢察官承檢察總長之命處理下列事項：

1. 本組事務之監督。
2. 本組檢察官辦案書類之審核。
3. 本組檢察官承辦案件有關行政文稿之審核或決行。
4. 本組檢察官及其他職員之工作、操行、學識、能力之考核與獎懲之擬議。
5. 人民陳訴事件之調查及擬議。
6. 有關法律問題之研究。
7. 其他有關事務之處理。

主任檢察官有二人以上，其中一人因事故不能執行職務者，其行政事務應分別互為代理，其僅有一人者，由檢察總長指定檢察官代理之。
檢察官辦理下列事項：

1. 辦理刑事第三審上訴案件。
2. 辦理非常上訴案件。
3. 辦理偵查、再議及其他案件。
4. 審核自動檢舉案件。
5. 審核刑事補償案件。
6. 指揮裁判之執行。
7. 奉命視察各級檢察機關、監獄、看守所及保安處分場所。

• 檢察官因事故不能執行職務時，由檢察總長指定檢察官代理，但因必要情形，得報請法務部令調下級法院檢察署檢察官代理。
• 檢察官對於交辦事項屬於緊急者，應提前辦理，如遇情節繁重者，得請檢察總長指派他檢察官共同辦理。
• 檢察官對於裁判確定之案件，應發交下級法院檢察署檢察官執行，但自行偵辦之案件，得自行執行之。
• 檢察官指揮刑事裁判之執行，應注意如有再審或非常上訴之原因，應隨時簽報檢察總長核辦。
• 主任檢察官及檢察官對於下級檢察署檢察官之處分或處理情形認為不當時，應詳列事實提出意見書，送請檢察總長核示辦理。
• 檢察官或主任檢察官執行職務，應就重要事項隨時以言詞或書面向檢察總長報告，並聽取指示。如對檢察總長指示有不同意見者，得陳述之，但檢察總長不採納時，仍應服從其命令。
• 主任檢察官與檢察官有不同意見時，應報請檢察總長核定之。